國際標準組織規定的標記有必備標記和自選標記兩類，每一類標記中又分識別標記和工作標記。 具體來說，集裝箱上有箱主代號； 箱號或順序號、核對號； 集裝箱尺寸及類型代號。

1.識別標記。 它包括箱主代號，設備識別代號、順序號及核對數位組成。

（1）箱主代號（Owner Code）。 是集裝箱所有人向國際集裝箱局登記註冊的三個大寫的拉丁文字母表示，比如馬士基集團自有箱的箱主代號之一是“MSK”。

（2）設備識別代號。 是緊接著箱主代號的第四位字母，用以表示集裝箱的類型，最常見的是“U”，用於表示所有常規的集裝箱。 另外“J”表示帶有可拆卸的集裝箱，“Z”表示集裝箱的拖車和底盤車。

（3）順序號，又稱“箱號”或“箱體註冊碼”（Registration Code），由6比特阿拉伯字母組成。 如有效數字不是6比特時，則在有效數字前用“0”補足6比特以區別於同一箱主的集裝箱，如“053842”。

（4）核對數位。 又稱“校驗碼”（Check Digit），核對數位是用來驗證箱主代號和順序號記錄是否準確的依據，經電腦處理所得。 它位於順序號後，以一比特阿拉伯數字加一方框表示。

2.工作標記。 它包括以下三個內容：

（1）額定重量和自定重量標記。 額定重量即集裝箱總重，自重即集裝箱空箱質量（或空箱重量），應以公斤（kg）和磅（lb）同時表示；

（2）空陸水聯運集裝箱標記。 由於該集裝箱的强度僅能堆碼兩層。 因而國際標準組織對該集裝箱規定了特殊的標誌，該標記為黑色，位於側壁和端壁的左上角，並規定標記的最小尺寸為：高127mm，長355mm，字母標記的字體高度至少為76mm；

（3）登箱頂觸電警告標記。 該標記為黃色底各色三角形，一般設在罐式集裝箱和位於登箱頂扶梯處，以警告登梯者有觸電危險。

1.識別標記。 它包括：

（1）國家和地區代號，如中國用CN，美國用US；

（2）尺寸和類型代號（箱型程式碼）。

2.工作標記。 它包括：

（1）超高標記，該標記為在黃色底上標出黑色數位和邊框，此標記貼在集裝箱每側的左下角，距箱底約0.6m處，同時該貼在集裝箱主要標記的下方。 凡高度超過2.6m的集裝箱應貼上此標記；

（2）國際鐵路聯盟標記。 凡符合《國際鐵路聯盟條列》規定的集裝箱，可以獲得此標記。 該標誌是在歐洲鐵路上運輸集裝箱的必要通行標誌。 上部“ic”表示國際鐵路聯盟，下部的數位表示各鐵路公司的程式碼。 對於超重（總重超過30.48t）的集裝箱，應設“SUPER HEAVY”的三角形超重標記。

集裝箱在運輸過程中能順利的通過或進入它過境，箱上必須貼有按規定要求的各種通行標誌，否則，必須辦理繁瑣證明手續，延長了集裝箱的周轉時間。

集裝箱上主要的通行標記有； 安全合格牌照、集裝箱準予牌照、防蟲處理板、檢驗合格徽及國際鐵路聯盟標記等。